反复发作或加重的“无菌性”前列腺炎，可能与厌氧菌及细菌变异为L有关。沙眼衣原体、支原体、寄生虫、真菌、病毒、滴虫、结核分枝杆菌等也可能是该型的重要致病因素，但缺乏可靠证据，至今尚无统一意见。

尿道括约肌功能异常可能是患者产生排尿异常的主要原因，若尿道括约肌收缩能力低下则可导致尿频、尿不尽等，也是前列腺炎常见的临床症状。

慢性前列腺炎病人(尤其是Ⅲ型)存在前列腺导管内尿液反流，将病原体或尿液中的代谢产物带入前列腺内，刺激前列腺组织可造成“炎症性”、“化学性”或“免疫性”前列腺炎。

前列腺因各种原因引起充血，特别是被动充血，如久坐、性冲动、喝酒、嗜辣等是引发前列腺炎的重要致病因素。各种非感染性、非微生物性因素均可导致前列腺长时间充血，形成非特异性炎症性反应。

如焦虑，抑郁，疑病症，甚至有自杀倾向等，可引起自主神经功能失调，加重后尿道神经肌肉功能障碍，使得膀胱颈部功能紊乱，排尿时前列腺部尿道压力增大，易使尿液反流入前列腺，引起“化学性”前列腺炎和前列腺结石。

前列腺痛患者的疼痛具有内脏器官疼痛的特点。前列腺、尿道的局部病理刺激，通过前列腺的传入神经触发脊髓反射及一系列相关的神经活动，引起膀胱尿道功能紊乱，并导致会阴、盆底肌肉异常收缩，在前列腺以外的相应区域出现牵涉痛。

有学者认为前列腺炎可能是一种过敏性炎症反应或自身免疫性疾病。前列腺来源的某些精浆蛋白抗原如PSA等可以作为自身抗原性物质；病原体的残余碎片或坏死组织也可作为抗原，诱发前列腺的免疫反应，导致一系列的临床表现。

据研究部分慢性前列腺炎患者与健康男性存在遗传差异。由于基因某位点的缺陷，表明可能含有一个或多个前列腺炎易感基因，更容易患前列腺疾病。